| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,911,009 | T→C | 5.6% | H28R (CAT→CGT) ‡ | mazF ← | mRNA interferase toxin, antitoxin is MazE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,911,009 | 0 | T | C | 5.6% | 378.1 / 9.3 | 125 | H28R (CAT→CGT) ‡ | mazF | mRNA interferase toxin, antitoxin is MazE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/58); new base C (2/5); total (62/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CTGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTGATG > NC_000913/2910861‑2911157 | cTGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTATGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATg < 1:1560905/150‑1 (MQ=255) gATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTc > 1:401475/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTcc < 1:1410782/150‑1 (MQ=255) 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acaacaGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCGCCCCAGTCGATATTCGCGTGGAggg > 1:1847844/1‑149 (MQ=255) acaacaGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATGACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGt > 1:1664619/1‑150 (MQ=255) caacaGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATTTTCTCGTGGAGGtt > 2:1094666/1‑150 (MQ=255) agcaaGCTGGACATCGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTAGTCCGGACAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGCCTTACCATTACCAGACTACCTTATCTTTCGGCTCACCCCCGTCGAGAATCTCGTGGAGGtt > 1:667599/5‑150 (MQ=255) caaGCTGGACATCGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGtttt > 2:1829737/3‑150 (MQ=255) caGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGttttg > 2:1846493/1‑149 (MQ=255) cTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCgg < 1:1700645/150‑1 (MQ=255) ggACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCATTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTAGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCg > 2:140455/1‑150 (MQ=255) ggACGATGTCCAGCTTGCTAGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCg < 2:129889/150‑1 (MQ=255) aCGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGCCTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTg > 1:1147272/1‑150 (MQ=255) cGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGGTTTCCGGCGTGa > 1:1358067/1‑150 (MQ=255) aTGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTTCCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTGTTGGAGGTTTTCCGGCGTGATg > 2:41757/1‑150 (MQ=255) | CTGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTGATG > NC_000913/2910861‑2911157 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |