| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,240,553 | C→A | 6.0% | L204M (CTG→ATG) | sstT → | sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,553 | 0 | C | A | 6.0% | 341.3 / 6.1 | 122 | L204M (CTG→ATG) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/54); new base A (2/7); total (61/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGTGGGCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTG > NC_000913/3240404‑3240701 | tgtgGGCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAATTCCTGGTTAACGATATGTCGTATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTAccc < 1:1050785/150‑1 (MQ=255)tgtgGGCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGGATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTAccc > 1:918538/1‑150 (MQ=255) gggCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTATCGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTTTGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTgg > 1:196785/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |