| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 394,153 | C→A | 10.0% | pseudogene (1184/1449 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 394,153 | 0 | C | A | 10.0% | 312.2 / 14.3 | 124 | pseudogene (1184/1449 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/57); new base A (11/3); total (64/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGG > NC_000913/394004‑394302 | cGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGc > 2:1231842/1‑150 (MQ=255)cGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGc < 2:652311/150‑1 (MQ=255) gACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCa > 2:1623840/1‑150 (MQ=255) 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aTGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCt < 2:432840/150‑1 (MQ=255) tGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTa > 1:584041/1‑150 (MQ=255) tGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTa > 2:1156277/1‑150 (MQ=255) gCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGATCAGTCTTACGTCAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGAAGGTTATACCTTCACCGAc > 2:964902/1‑150 (MQ=255) ggTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGc > 2:383992/1‑150 (MQ=255) 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gCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGAGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTAACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACACCGAAGATCAGGCTCTGACTc > 1:216717/1‑150 (MQ=255) tttCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACt < 2:593046/150‑1 (MQ=255) tttCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACt < 1:1835645/150‑1 (MQ=255) tCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGTGTGTAGATGCAGGTTATACCATAACCTACAACAAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACtta > 2:376957/1‑149 (MQ=255) cTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCa > 1:748845/1‑150 (MQ=255) 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gAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCg > 2:1601830/1‑150 (MQ=255) aaCTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCgg < 2:210788/150‑1 (MQ=255) cTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTa > 1:731757/1‑150 (MQ=255) gctgtAGGTGAAGGTATAACCTGCATCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACgt > 1:1441090/3‑150 (MQ=255) ctgtAGGTGAAGGTATAACCTGCATCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACgtg > 2:8822/2‑150 (MQ=255) tttttaTGCTGGTAATACTTTCACATACAGCTAAGATCTGGATCTTACTCGTTATTTAAAACTGGCTTACTTCTACGACGACTATAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACgtgt < 2:1841985/145‑1 (MQ=255) tgtAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACgtgt > 1:3370/1‑150 (MQ=255) tAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTg > 1:1119990/1‑150 (MQ=255) gATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGCCGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTggg > 1:31194/1‑149 (MQ=255) gATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTggg > 1:193454/1‑149 (MQ=255) aTGCAGGTTATACCTTCACATACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTc < 1:1454563/150‑1 (MQ=255) tGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCt > 1:743761/1‑150 (MQ=255) | CGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGG > NC_000913/394004‑394302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |