Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 458,744 | T→A | 5.1% | intergenic (+44/‑144) | clpX → / → lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 458,744 | 0 | T | A | 5.1% | 343.1 / 4.9 | 112 | intergenic (+44/‑144) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/48); new base A (2/4); total (60/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GGAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGA > NC_000913/458595‑458891 | ggAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTACCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGAtttt > 2:510219/1‑150 (MQ=255) gAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATATGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGCGGGATTTTa > 2:1011067/1‑150 (MQ=255) aaGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTAt > 1:33470/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |