| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,074,894 | G→T | 5.2% | intergenic (+14/+26) | rutR → / ← putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,074,894 | 0 | G | T | 5.2% | 415.0 / 10.1 | 134 | intergenic (+14/+26) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/62); new base T (4/3); total (69/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TCCACTCAACATTACGCCGATTTCGCCCCTCAGGTGGAGGCGGTGACAGGCGCGACGTTGCGCGATGAGGTATTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGAACGCTCGATATACAGCCGTTCCAGAAGGATATTGCTTTCGCCACGGGCAAAACCCTGCACCGAA > NC_000913/1074746‑1075043 | tCCACTCAACATTACGCCGATTTCGCCCCTCAGGTGGAGGCGGTGACAGGCGCGACGTTGCGCGATGAGGTATTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg > 1:1750319/1‑150 (MQ=255) aCTCATCATTACGCCGATTTCGCCCGTCAGGTGGAGGCGGTGAGAGGCGCGACGTTGCGCGATGAGGTATTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGTCCACGTTAAAGATGCCGTAGGAGGTTg < 1:1220527/150‑1 (MQ=255) aCTCAACATTACGCCGATTTCGCCCCTCAGGTGGAGGCGGTGACAGGCGCGACGTTGCGCGATGAGGTATTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTg > 2:660427/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |