| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,544,868 | G→A | 5.9% | pseudogene (847/951 nt) | yddK ← | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,544,868 | 0 | G | A | 5.9% | 348.6 / 8.2 | 102 | pseudogene (847/951 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/61); new base A (3/3); total (38/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCAATATCGGATGTATTATTAGTATCAATGTGGGTTATTTTATTATTGTCCAGTCTTAAACTTTTGATAGATGGAAGATAAGTCAGGAAATCAAGATTTATATATTTCAACTGGTTGTTAGCAGCGTTTAATGTCTGAACATTGCAGAAGTTGCTATAGAATATTTTAATTTCAGAAAGCAAATTGTTGTTAATAAGTAACGTATTCAAGTTGGGAAATAAG > NC_000913/1544721‑1545016 | gtagGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCATTATCGGATGTATTATTAGTATCAATGTGGGTTATTTTATTATTGTCCAGTCTTAAACTTTTGATAGATGGaa < 2:599919/150‑1 (MQ=255)gtagGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCAATATCGGATGTATTATTAGTATCAATGTGGGTTATTTTATTATTGTCCAGTCTTAAACTTTTGATAGATGGaa < 1:1389835/150‑1 (MQ=255)gtagGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCAATATCGGATGTATTATTAGTATCAATGTGGGTTATTTTATTATTGTCCAGTCTTAAACTTTTGATAGATGGaa > 2:1009132/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |