| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,720,364 | G→T | 7.5% | intergenic (+21/+26) | slyB → / ← slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,720,364 | 0 | G | T | 7.5% | 282.0 / 3.3 | 105 | intergenic (+21/+26) | slyB/slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/30); new base T (3/8); total (66/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACA > NC_000913/1720217‑1720510 | ggAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:1402806/1‑150 (MQ=255) aaTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTCCTGGCCCGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑Ct > 1:1219165/1‑150 (MQ=255) aaTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑Ct > 2:459203/1‑150 (MQ=255) tCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACTCTCGTTTCTCTACGGGCCTACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGAc < 2:1730758/150‑1 (MQ=255) gTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACca > 1:2055243/1‑150 (MQ=255) gTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACca < 2:443506/150‑1 (MQ=255) acaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACcaca < 2:444643/148‑1 (MQ=255) aaaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGTAAC‑CTGACcaca < 1:1365718/150‑1 (MQ=255) 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gTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTc > 1:190668/1‑150 (MQ=255) aaTACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCAAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCAt > 2:1581476/1‑150 (MQ=255) ccATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCa < 2:24496/150‑1 (MQ=255) catcatGGTGGTACAGAAACAAGGCAACAATCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCAc < 1:1288749/150‑1 (MQ=255) atcatGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCAcc > 1:862781/1‑150 (MQ=255) 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cAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACa < 1:1508697/150‑1 (MQ=255) aatgTTT‑CTTACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGGCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGGGGAGATGCCATGTAATTTTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACa < 2:164501/147‑1 (MQ=255) | GGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACA > NC_000913/1720217‑1720510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |