| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,694 | 0 | G | C | 5.8% | 439.9 / 15.7 | 137 | intergenic (‑308/+19) | sufA/rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/67); new base C (5/3); total (67/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
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aaaaCCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCTGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGta < 1:685119/150‑1 (MQ=255) aaaaCCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTACCACAAACTGCGATTAGtt > 1:1823899/1‑149 (MQ=255) aCCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtatta < 1:1902069/150‑1 (MQ=255) aCCCTTAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtatta > 2:125940/1‑150 (MQ=255) cccTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtattat > 1:1851644/1‑150 (MQ=255) cccTTAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtattat > 2:1013624/1‑150 (MQ=255) cccTTAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtattat > 2:1005039/1‑150 (MQ=255) ccTTAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATACTCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTattatt > 1:251422/1‑150 (MQ=255) aGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATCATTTTTGa < 1:1020752/150‑1 (MQ=255) tCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAAc < 1:2067159/150‑1 (MQ=255) cTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTACCACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACa > 2:777892/1‑150 (MQ=255) gCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAatat > 1:1628580/1‑150 (MQ=255) | GAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATAT > NC_000913/1764545‑1764841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |