Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 2,414,689 | C→G | 5.3% | intergenic (+17/‑58) | ackA → / → pta | acetate kinase A and propionate kinase 2/phosphate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,414,689 | 0 | C | G | 5.3% | 415.7 / 12.6 | 132 | intergenic (+17/‑58) | ackA/pta | acetate kinase A and propionate kinase 2/phosphate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (75/50); new base G (5/2); total (80/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.42e-01 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAACGCAAAGG > NC_000913/2414541‑2414838 | cATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTCGTTATCGCGCAAGACGCGACCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCcagctca > 1:249748/1‑150 (MQ=255) aTGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCctgctcag < 1:274549/150‑1 (MQ=255) tGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCcagctcagc > 1:272337/1‑150 (MQ=255) gAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCATCAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCcagctcagct > 2:898619/1‑150 (MQ=255) gAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCcagctcagct > 1:1731223/1‑150 (MQ=255) caaCGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGGCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCcagctcagct < 1:2079945/149‑1 (MQ=255) aaCGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTg > 2:156808/1‑150 (MQ=255) cacccTGGCTGCACGTTTCGGCAAAGCTGGTTTAATCAACAAAGAAGGGACCCGGCCTGCGGTGGTTATACCAAACAAAGAAGAACTGGTTATCGCGAAAGACGCGAGACGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTTGCgg < 1:794002/147‑1 (MQ=255) cAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCgg < 1:185504/150‑1 (MQ=255) aaCCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGt < 1:1576220/150‑1 (MQ=255) aCCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAACGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTGAGCTGGCGGTg < 1:390808/150‑1 (MQ=255) ccTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGc < 2:1423753/150‑1 (MQ=255) cTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCATCAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGttt < 1:914162/150‑1 (MQ=255) cTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGttt > 2:159039/1‑150 (MQ=255) tGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGtttt > 2:1837658/1‑150 (MQ=255) gaaCGTTTGGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGATCGAAGCCGTCCTGCGGTGGTTATCACAACGAAAGAATAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCTCCTGACTGCCTGTTTTCACACCGCGAGATCTGCTGGCGGTGCTGTTTTg < 2:931173/148‑1 (MQ=255) gCACGTTTCGTCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCACAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCAGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTg < 2:2042211/150‑1 (MQ=255) cGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTaa > 2:750008/1‑150 (MQ=255) 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tGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATcggc < 2:1455303/150‑1 (MQ=255) tGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATcggc < 1:2151244/150‑1 (MQ=255) tttCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGt > 1:398592/1‑150 (MQ=255) catcaACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCGATTtggcgggtta < 2:480163/150‑5 (MQ=255) catcaACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAAc > 1:247286/1‑150 (MQ=255) atcaACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACg > 2:2086525/1‑150 (MQ=255) atcaACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACg > 1:84190/1‑150 (MQ=255) tcaACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCATCGAATAACTGGTTATCGCGCAAGACGCTAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAATTCGGCGGTAACGa < 1:1535805/150‑1 (MQ=255) caacaaAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAGGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGaa > 2:649509/1‑150 (MQ=255) caacaaAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGaa > 1:535035/1‑150 (MQ=255) 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aagGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATa > 2:1294946/1‑150 (MQ=255) ggTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACAGACTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTATAACCCGCCAAATCGGCGTTAACGAAAGAGGATaaa > 2:1130310/1‑150 (MQ=255) tACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAAcc > 1:256921/1‑150 (MQ=255) aCCCGGCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACGGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCg < 2:1407325/150‑1 (MQ=255) cccGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCgt > 1:1094213/1‑150 (MQ=255) 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ctcagctGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATATACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACAAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATTGAACGCaaa > 2:871504/1‑150 (MQ=255) | CATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAACGCAAAGG > NC_000913/2414541‑2414838 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |