| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,438,874 | A→T | 5.0% | M309L (ATG→TTG) | flk → | putative flagella assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,438,874 | 0 | A | T | 5.0% | 421.0 / 9.2 | 140 | M309L (ATG→TTG) | flk | putative flagella assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/69); new base T (3/4); total (66/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
ATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAAGAGTAA > NC_000913/2438725‑2439023 | atcgTCTTACTGCGCAATCAACGCTTACTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCGTAATCAGCATTATCAAGGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTAGCataata > 2:560357/4‑150 (MQ=255) tGGTCTTTCTGCGCATTCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATTTTCTTAATCAGGTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat < 1:1271662/150‑1 (MQ=255) tGGTCTTTCTGCGCAATCATAGTATTCTTCATCCCAGGCCTAGGATATTGATAATCAGCTTTATCAACTGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTTCTTATTCCTTTTCCACCTATGATCGACACGTTGCAAAatat < 2:872779/150‑1 (MQ=255) 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cAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGaa > 1:1900909/1‑150 (MQ=255) aaaaTATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAag < 1:1740383/150‑1 (MQ=255) | ATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAAGAGTAA > NC_000913/2438725‑2439023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |