| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,482,839 | C→G | 6.4% | L167F (TTG→TTC) | emrK ← | multidrug resistance efflux pump membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,482,839 | 0 | C | G | 6.4% | 544.0 / 21.8 | 168 | L167F (TTG→TTC) | emrK | multidrug resistance efflux pump membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/68); new base G (5/6); total (94/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CCGGTAACCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTG > NC_000913/2482690‑2482986 | ccGGTAACCTGACTCTTAATATCCGTACGCTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTAAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTGGGGGCTGACGGTTTAATGGGGTGTTCATAACTATAGCTTTATTCGCTTTATAAGGCTGGATAGCGGCATTc < 1:317924/150‑1 (MQ=255)ccGGTAACCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCGGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTc > 2:734697/1‑150 (MQ=255) cGGTAACCGGAATCTTAATATCCGTACGTTTAATCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACTGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCa < 2:451846/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |