| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,507,109 | T→G | 5.3% | A262A (GCA→GCC) ‡ | fryC ← | putative enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,507,109 | 0 | T | G | 5.3% | 411.0 / 9.7 | 131 | A262A (GCA→GCC) ‡ | fryC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/65); new base G (3/4); total (62/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
AAGTTGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGTGATGACGTAGTA > NC_000913/2506962‑2507258 | aaGTTGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGc < 2:255471/150‑1 (MQ=255) aGTTGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCg > 2:226353/1‑150 (MQ=255) gTTGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGGCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCgg < 2:144961/150‑1 (MQ=255) tGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACATGCGGCt > 2:333961/1‑150 (MQ=255) aGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCttt > 1:1275985/1‑150 (MQ=255) gCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGGCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAAAAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTttg < 2:1631978/150‑1 (MQ=255) cGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCTATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATTGAGATTGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTttgt < 1:525648/150‑1 (MQ=255) gTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAGCCGCAGGTTttgtt < 2:28162/150‑1 (MQ=255) gTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGGCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTttgtt < 1:1941838/150‑1 (MQ=255) ttGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTttgttg < 2:1880384/150‑1 (MQ=255) tGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAGCCGCAGGTTttgttgc < 1:962689/150‑2 (MQ=255) tGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGa < 1:2085914/150‑1 (MQ=255) gAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATACCGCTAGCGATAGAACGAGCGGGGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTGTGTTGAt > 1:309619/1‑150 (MQ=255) gAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCTGCTTTGTTCAt > 1:2078417/1‑150 (MQ=255) aaCAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATATCGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTCTTGaac > 1:2050929/1‑148 (MQ=255) aaCAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAGCCGCAGGTTttgttgcct < 2:2065715/150‑4 (MQ=255) aaCAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATc < 2:908618/150‑1 (MQ=255) aaCAGGCGTTTGCCGCTTAAACGACGGTCGATAATGGGCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACCAAAGCGATAGAACGAGCGTTGACTGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAGCCGCAGGTTttgttgcct < 2:366934/150‑4 (MQ=255) 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acgacgGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGc < 1:1616806/150‑1 (MQ=255) gacgGTCGCTAATGGGCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGCATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTg < 1:1393120/150‑1 (MQ=255) gacgGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTg < 2:2086273/150‑1 (MQ=255) acgGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGt > 1:2160790/1‑150 (MQ=255) acgGTCGATAATGGTAGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGt > 1:134081/1‑150 (MQ=255) 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caacaaAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACAGCCGTTGATACAGCCACCAAAGGGGGtga > 1:592065/1‑150 (MQ=255) caacaaAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGGCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCCGCACAGTACGGATACCGCCGTTGCTCCAGCCACCAAAGGGGGtga > 1:406553/1‑150 (MQ=255) aacaaAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGtgat > 2:1733896/1‑150 (MQ=255) acaaAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGtgatg < 1:1578029/150‑1 (MQ=255) aaaaCCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGTGATGAc < 2:1097785/150‑1 (MQ=255) 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tGCGGCTTTGTTGATCGGTCCACCAAGGTCTATTGCTGGCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGTGATGACgtagta < 2:2078417/150‑1 (MQ=255) tGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGTGATGACgtagta < 2:686444/150‑1 (MQ=255) | AAGTTGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGTGATGACGTAGTA > NC_000913/2506962‑2507258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |