Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,638,584 | A→T | 5.6% | F23L (TTT→TTA) | bamB ← | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,638,584 | 0 | A | T | 5.6% | 423.7 / 9.9 | 149 | F23L (TTT→TTA) | bamB | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/75); new base T (3/6); total (68/81) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.11e-01 |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AGACAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGC > NC_000913/2638436‑2638733 | aGACAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTaa > 1:1635736/1‑150 (MQ=255) gACAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTaaa > 1:789000/1‑150 (MQ=255) cAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGAATGGAATACAAGTTGACAATGCCAATACCAACGTAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAAATATTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAcaca > 2:296044/1‑150 (MQ=255) gTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTTAACAGCGa < 2:1821712/150‑1 (MQ=255) gTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTTAACAGCGaaga < 1:1068540/150‑3 (MQ=255) gTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACa < 1:943194/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGTCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCg > 1:98526/1‑150 (MQ=255) cAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCAAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGGGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCAAATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCt < 1:124512/150‑1 (MQ=255) 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aTTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGa < 1:135108/150‑1 (MQ=255) ggAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCTATGGGGACATCTTTACCCCATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGCACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAg > 1:754893/1‑150 (MQ=255) ggAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACTGAAAg > 1:541828/1‑150 (MQ=255) gAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGc < 1:1658108/150‑1 (MQ=255) gAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGc < 1:1144613/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |