| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,945,841 | G→T | 9.4% | noncoding (2138/2904 nt) | rrlC → | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,945,841 | 0 | G | T | 9.4% | 229.2 / 4.5 | 97 | noncoding (2138/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/52); new base T (9/2); total (43/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGA > NC_000913/3945758‑3945990 | cGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGATAACGTTGGACGCATTAAAATTAAAAAAAAAATCTGCATGGAGCCGACCTTGAACTACGAGCCTTTACGGTTTGAGGTTCTAACGTgg > 2:1651656/1‑150 (MQ=2)cGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGAAAACGTTGGACGCATTAAAATTAAAAAAAAAATCTGCATGGAGCCGACCTGGAAATACCCCCCTTTAATGATTGATGTACTAACGTgg > 2:291597/1‑150 (MQ=2) gAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGAc < 2:1515540/150‑1 (MQ=32) gAAAGACCCCGTGAACCTTTACAATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTAGATGTGTAGAAAACGTAGGAGTCATTAAAATTTATAAACAAGTCTTCATGGAGCAGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTATGATGTAATAAAGTGGAc > 2:502430/1‑150 (MQ=2) 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gtgGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGa > 1:2145106/1‑150 (MQ=34) | CGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGA > NC_000913/3945758‑3945990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |