| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,231,007 | G→A | 5.6% | L218L (CTG→CTA) ‡ | rluF → | 23S rRNA pseudouridine(2604) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,231,007 | 0 | G | A | 5.6% | 369.4 / 7.5 | 125 | L218L (CTG→CTA) ‡ | rluF | 23S rRNA pseudouridine(2604) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/57); new base A (2/5); total (63/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AAAAAAGAAGCGCCGTTTGTCTTCCGCATTACCCTGGTGCAGGGGCTGAACCGTCAGATCCGGCGCATGTGCGAGCATTTCGGCTATGAAGTGAAAAAGCTGGAACGCACGCGCATCATGAACGTTAGCTTAAGCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATGGAAAAAACGGCGG > NC_000913/4230861‑4231155 | aaaaaaGAAGCGCCGTTTGTCTTCCGCATTACCCTGGTGCAGGGGCTGAACCGTCAGATCCGGCGCATGTGCGAGCATTTCGGCTATGAAGTGAAAAAGCTGGAACGCACGCGCATCATGAACGTTAGCTTAAGCGGCATTCCGCTgggg > 1:1377621/1‑150 (MQ=255)aaaaaaGAAGCGCCGTTTGTCTTCCGCATTACCCTGGTGCAGGGGCTGAACCGTCAGATCCGGCGCATGTGCGAGCATTTCGGCTATGAAGTGAAAAAGCTGGAACGCACGCGCATCATGAACGTTAGCTTAAGCGGCATTCCGCTgggg < 1:1872628/150‑1 (MQ=255)aaaaaaGAAGCGCCGTTTGTCTTCCGCATTACCCTGGTGCAGGGGCTGAACCGTCAGATCCGGCGCATGTGCGAGCATTTCGGCTATGAAGTGAAAAAGCTGGAACGCACGCGCATCATGAACGTTAGCTTAAGCGGCATTCCGCTgggg < 1:236630/150‑1 (MQ=255) 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aaCGTTAGCTTAAGCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCa > 2:504404/1‑150 (MQ=255) aGCTTAAGCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGtt < 2:446860/150‑1 (MQ=255) aGCTTAAGCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGtt < 1:573084/150‑1 (MQ=255) gCTTAAGCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTa < 2:1286693/150‑1 (MQ=255) cTTAAGCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTaa < 1:1715352/150‑1 (MQ=255) cTTAAGCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAACGCCAAACCGAAAACCGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTat > 1:367530/1‑149 (MQ=255) tAAGCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGa < 1:1278068/150‑1 (MQ=255) cgcgcCATTCCCCCAGCGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATg > 2:879577/2‑150 (MQ=255) gcgcCATTCCCCCAGCGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATgg > 1:1991965/1‑150 (MQ=255) gCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATgg > 1:2104556/1‑150 (MQ=255) ggCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATGGaa > 1:1271660/1‑150 (MQ=255) tttCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACGGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAATCCGAAAACAGCGGGGATCTAACGTCCAGTCGTTAAGATGGaaaaa < 2:1977972/149‑1 (MQ=255) ttCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATGGaaaaaa > 2:1839758/1‑150 (MQ=255) cTGGGGGAATGGCGCGATTTACCCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATGGAAAAAAcggcg > 2:1231360/1‑150 (MQ=255) cTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATGGAAAAAAcggcg > 2:807406/1‑150 (MQ=255) cTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATGGAAAAAAcggcg > 2:1652271/1‑150 (MQ=255) tGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGATCATTGAAAATTCCAGTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGCACAACGCGAACAAAGCGGGCATCACACGTCCAGTCTTTATGATGTAAAAACgggcgg > 2:1137200/1‑150 (MQ=255) | AAAAAAGAAGCGCCGTTTGTCTTCCGCATTACCCTGGTGCAGGGGCTGAACCGTCAGATCCGGCGCATGTGCGAGCATTTCGGCTATGAAGTGAAAAAGCTGGAACGCACGCGCATCATGAACGTTAGCTTAAGCGGCATTCCGCTGGGGGAATGGCGCGATTTAACCGACGATGAGTTAATCGACCTCTTTAAGCTCATTGAAAATTCCTCTTCCGAGGTAAAACCTAAAGCGAAGGCCAAACCGAAAACAGCGGGCATCAAACGTCCAGTCGTTAAGATGGAAAAAACGGCGG > NC_000913/4230861‑4231155 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |