| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4484382 | NA (NA) | 11 (0.010) | 5/262 | NT | NA | noncoding (50/84 nt) | REP342 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP342 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 4484420 | NA (NA) | intergenic (‑140/+20) | holC/pepA | DNA polymerase III, chi subunit/multifunctional aminopeptidase A: a cyteinylglycinase, transcription regulator and site‑specific recombination factor | |||||
Only 100 of 1347 total aligned reads displayed.
CGTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCAGGTGCGCCCAGTTG > NC_000913/4484271‑4484569 | gTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAa > 1:3070020‑M2/1‑149 (MQ=255) cATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCt > 1:12883416/1‑150 (MQ=255) gtggtgGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTAct < 1:11708052/150‑1 (MQ=255) ggtggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTActct < 1:9088615/150‑1 (MQ=255) gtggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCtt > 2:5659041/1‑150 (MQ=255) tggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTc > 2:7926507/1‑150 (MQ=255) gATTTAAATACTCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGc < 1:12242003/150‑1 (MQ=255) gATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGc < 2:9382818/150‑1 (MQ=255) gATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGc < 1:12639486/150‑1 (MQ=255) gATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGc > 2:14870475/1‑150 (MQ=255) aTTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGcc < 2:9541852/150‑1 (MQ=255) ttAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGt < 2:6514772/150‑1 (MQ=255) ttAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGt > 2:5324261/1‑150 (MQ=255) gCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCa > 2:3242423/1‑150 (MQ=255) cATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAg > 1:9859074/1‑150 (MQ=255) aTCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAgc < 1:13872864/150‑1 (MQ=255) aGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGcgcg > 1:6891064/1‑150 (MQ=255) gTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGt > 1:6378708/1‑150 (MQ=255) tataCACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGtt < 2:12655340/150‑1 (MQ=255) ataCACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGttt < 2:1003582/150‑1 (MQ=255) cacCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAAc < 1:6060813/150‑1 (MQ=255) cacCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAAc < 2:11404109/150‑1 (MQ=255) cacCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAAc < 1:4997464/150‑1 (MQ=255) acCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAacagc < 1:8573886‑M2/101‑6 (MQ=255) acCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACa < 1:15193295/150‑1 (MQ=255) ccGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAg > 2:10955458/1‑150 (MQ=255) ccGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAg < 2:5125887/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACt > 1:6649005/1‑150 (MQ=255) cTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGc < 1:5629981/150‑1 (MQ=255) tGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGcc > 1:14945761/1‑150 (MQ=255) gCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCa > 2:3574919/1‑150 (MQ=255) cGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCaa < 2:4300508/150‑1 (MQ=255) cGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCaa > 1:1911700/1‑150 (MQ=255) gACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAAc > 2:7686492/1‑150 (MQ=255) gACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAAc > 1:8839017/1‑150 (MQ=255) aCGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACg > 2:15321400/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCt < 1:3865034/150‑1 (MQ=255) tgttgtGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTAc < 2:3999871/150‑1 (MQ=255) tgttgtGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTAc < 1:10017275/150‑1 (MQ=255) 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ttCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGa > 1:9494292/1‑150 (MQ=255) ttCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGa < 1:776925/150‑1 (MQ=255) cgccgcATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAgg < 1:10479562/134‑1 (MQ=255) gccgcATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATcc < 1:4022088/150‑1 (MQ=255) gcgcCTCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCATTTCGGCTTCGCCTTTAAACCCAGCGGGTTTTAACTGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCCGTCCGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCa < 1:5852421/149‑1 (MQ=255) ccgcATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCa > 2:1595056/1‑150 (MQ=255) ccgcATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCa < 1:451334/150‑1 (MQ=255) cgcATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCAg > 2:606035/1‑150 (MQ=255) cgcATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCAg < 1:475584/150‑1 (MQ=255) cATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCAGGt < 2:3824355/150‑1 (MQ=255) tCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCAGGTgc > 1:3414325/1‑150 (MQ=255) cGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGACCTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTGTTGCTTTACCCGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATCTCCAGGTgcgc > 2:8602112/1‑150 (MQ=255) ggCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCAGGTGCGcc > 2:6938609/1‑150 (MQ=255) aaTAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCAGGTGCGCCCAg < 2:8219276/150‑1 (MQ=255) aTAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCAGGTGCGCCCAGt < 1:1535020/150‑1 (MQ=255) | CGTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGCGCGGTTTAACAGGAACTGTGCCAGCAACGCTACCGGACGACCGGTGGCGCCTTTTGCTTTACCAGAACGCCAGGCGGTACCGGCGATATCCAGGTGCGCCCAGTTG > NC_000913/4484271‑4484569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |