| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,406,129 | T→C | 100% | intergenic (+144/‑61) | purA → / → nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,406,129 | 0 | T | C | 99.9% | 4147.7 / ‑5.3 | 1094 | intergenic (+144/‑61) | purA/nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (543/550); minor base A (1/0); total (544/550) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 1094 total aligned reads displayed.
GTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTGATTACGGATTACGTGCGCTGATCTACATGGCGTCATTGCCAGAAGGGCGGATGACCAGTATTTC > NC_000913/4405982‑4406275 | gTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtg > 2:7974202/1‑150 (MQ=255) aTTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTgg > 1:5277132/1‑150 (MQ=255) tGGTACGCGGGGCAGATTTTTGGCCTGCCGGGCGAACTGTGTGATACAGGGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACTGTGTTAAATCCGCGCTTTTTTCCTTCCCCGACCTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTgg < 1:5832258/150‑1 (MQ=255) tGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTTAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTgg < 1:3766035/150‑1 (MQ=255) tGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTgg < 2:14749681/150‑1 (MQ=255) tGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTgg < 2:10824197/150‑1 (MQ=255) ggTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGt < 2:14072471/150‑1 (MQ=255) gTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGtt > 1:9100666/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |