| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,639,269 | C→G | 11.0% | E5D (GAG→GAC) | yfgM ← | ancillary SecYEG translocon subunit; putative anti‑RcsB factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,639,269 | 0 | C | G | 11.0% | 2433.7 / 59.2 | 787 | E5D (GAG→GAC) | yfgM | ancillary SecYEG translocon subunit; putative anti‑RcsB factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (184/494); new base G (94/2); total (290/497) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-44 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 824 total aligned reads displayed.
AGAGAAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCAGC > NC_000913/2639120‑2639418 | agagAAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTtc < 2:5488740/150‑1 (MQ=255) agaAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTtctc < 2:1093347/150‑1 (MQ=255) agaAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTtctc < 1:11586825/150‑1 (MQ=255) gaAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCg > 1:7296348/1‑150 (MQ=255) aaGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTGGTTGTCGt > 2:14554679/1‑150 (MQ=255) aGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTa > 1:2067824/1‑150 (MQ=255) aGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTa > 2:3915683/1‑150 (MQ=255) gCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTCGTTCTCGTaa > 1:13793569/1‑150 (MQ=255) cGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTaaa > 2:10455721/1‑150 (MQ=255) gAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTCGGTCTCGTAAAtt > 1:12485687/1‑150 (MQ=255) aGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAAttt < 1:12822013/150‑1 (MQ=255) gCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTc < 1:14958061/150‑1 (MQ=255) cGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTcc < 2:6539877/150‑1 (MQ=255) gTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCa < 2:6355551/150‑1 (MQ=255) gTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACACCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGATTTCGTTCTCGTAAATTTCCa < 2:1512006/150‑1 (MQ=255) tGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAATATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTTGTTGTGGTTAAttttaac > 1:6718409/1‑146 (MQ=255) tGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTGGGTCTCGTAAATTTacac > 1:321146/1‑150 (MQ=255) tGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCAc < 1:4817555/150‑1 (MQ=255) tGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTGGGTGTAGTAAAATTacac > 1:4594946/1‑150 (MQ=255) gCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACg < 2:839296/150‑1 (MQ=255) gCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACg < 1:5173373/150‑1 (MQ=255) cAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTGGGTGTCGGAAAATTACACGc > 1:5370293/1‑150 (MQ=255) gAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTg < 2:7427490/150‑1 (MQ=255) 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ccTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGtccttct < 1:9245641/150‑1 (MQ=255) cTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGtccttctc < 1:10972523/150‑1 (MQ=255) tGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGtccttctcc < 2:9484189/150‑1 (MQ=255) tGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGtccttctccttc < 2:9612148/150‑1 (MQ=255) ggCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTACAAGCAGTCCTTAtccttcc > 2:8858148/1‑150 (MQ=255) 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gTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCAGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATTCGCGGCTACGCTATCCAGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGAGCAAATACTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACATCa > 2:12936138/1‑150 (MQ=255) cGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGa < 2:6186932/150‑1 (MQ=255) cGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGa < 2:7912690/150‑1 (MQ=255) cGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGa < 2:11667604/150‑1 (MQ=255) gTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGAc > 1:8986201/1‑150 (MQ=255) tCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCAc < 2:11229451/150‑1 (MQ=255) cGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCAcc < 2:14969561/150‑1 (MQ=255) ttCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCa < 2:7153363/150‑1 (MQ=255) ttCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCa > 2:1328903/1‑150 (MQ=255) tctcGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCAg < 1:6086964/150‑1 (MQ=255) tctcGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCAg < 2:8986201/150‑1 (MQ=255) ctcGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCAGc < 2:2612772/150‑1 (MQ=255) | AGAGAAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAAC‑TGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCAGC > NC_000913/2639120‑2639418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |