| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,194,657 | Δ1 bp | 8.1% | coding (295/654 nt) | rluE ← | 23S rRNA pseudouridine(2457) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,194,657 | 0 | T | . | 8.1% | 651.5 / 48.4 | 185 | coding (295/654 nt) | rluE | 23S rRNA pseudouridine(2457) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/85); new base . (9/6); total (94/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATCGGTGAACTGCGGAAGAACAT > NC_000913/1194509‑1194806 | gcgGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGtt > 2:1842278/1‑150 (MQ=255) gTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGCGCGTTTAACCCAGCCGGG‑TAAAcgcac < 1:1121392/150‑3 (MQ=255) gTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGCGCGTTTAACCCAGCCGGG‑TAAAcgcac < 1:1121584/150‑3 (MQ=255) tCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGcc > 1:1868140/1‑150 (MQ=255) tCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGcc > 2:2622692/1‑150 (MQ=255) tCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGcc > 2:1394887/1‑150 (MQ=255) tCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGcc > 2:1111442/1‑150 (MQ=255) tCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCAGTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGCGCGTTTAACCCAGCCGGG‑TAAACGCAcc < 2:8730/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGc > 2:4895/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCa > 2:210514/1‑150 (MQ=255) cAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCaa < 2:687586/150‑1 (MQ=255) aGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAc > 2:2499773/1‑150 (MQ=255) aGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAc < 2:2484738/150‑1 (MQ=255) cTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAcgc < 1:2152524/150‑1 (MQ=255) tCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAcgcg > 1:697998/1‑150 (MQ=255) tCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAcgcg > 1:2156669/1‑150 (MQ=255) tCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGATACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTAGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAcgcg > 1:2683913/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACgcgc < 2:591413/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |