| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,888,224:1 | +A | 6.8% | intergenic (+32/‑211) | mnmE → / → tnaC | tRNA U34 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine modification GTPase/tryptophanase leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,888,224 | 1 | . | A | 6.8% | 603.2 / 41.4 | 161 | intergenic (+32/‑211) | mnmE/tnaC | tRNA U34 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine modification GTPase/tryptophanase leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (79/71); new base A (8/3); total (87/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCA > NC_000913/3888075‑3888373 | tGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAg < 2:1638388/150‑1 (MQ=255)ggAACTGCTGGCGGAAGAGTGGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAg < 1:168347/149‑1 (MQ=255) gAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑a > 2:46765/1‑150 (MQ=255) 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aaGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcga > 2:1529175/1‑150 (MQ=255) aGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCACCCCTTTTTTTAAACATTT‑AAAGT‑CTTACGGAATTTATAATCTTTTAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGGgattcgat > 2:318144/1‑150 (MQ=255) aGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcgat > 1:1043085/1‑150 (MQ=255) gCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATAA‑AAAAT‑ATAACGTAATTTATAATCAATAAAAAAAGCATTAAATATTGATCAACGAACGATTGTgattccatt > 1:1716333/1‑150 (MQ=255) ccGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcgattc < 2:922162/150‑1 (MQ=255) ccGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcgattc < 2:1226822/150‑1 (MQ=255) ccGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑ATTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGTATTTAATATTGCTACCCTAACGATTGTgattcgattc > 2:805098/1‑150 (MQ=255) cagCATTCTGACTGTCAT‑ATGCGGCTTCTCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcgattc < 2:84657/148‑1 (MQ=255) cATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTcaca > 1:1712196/1‑150 (MQ=255) cATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTcaca > 1:1705665/1‑150 (MQ=255) cATTATGACTGTCAG‑ATGCTGCTTCTCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTcaca < 2:1129336/150‑1 (MQ=255) tCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACAttt > 1:308158/1‑150 (MQ=255) cTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTa < 1:519919/150‑1 (MQ=255) gACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTaaa > 2:37616/1‑150 (MQ=255) tGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTACTGTTTTTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑ATATT‑CTTACGTATTTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTAACATTTAAACaa > 2:594542/1‑150 (MQ=255) gTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTAACATTTAAACAAt > 2:481017/1‑150 (MQ=255) g‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCAGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCa > 1:356610/1‑150 (MQ=255) | TGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCA > NC_000913/3888075‑3888373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |