| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,513,653 | C→T | 5.8% | S204S (AGC→AGT) | nupC → | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,513,653 | 0 | C | T | 5.8% | 388.0 / 6.8 | 120 | S204S (AGC→AGT) | nupC | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/56); new base T (5/2); total (62/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AAGATATCCTCGGCAAAATCTCCCGTAATCGTATGTACACCATGGCTGCCACGGCAATGTCCACCGTGTCGATGTCCATCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATCCAGATGTCCAACCTGCACGAAGGTCAGAGCTTCTTCGAAATGCTGGGTGAATACATTCTGGCAGGTTTCAAAGTTGCCATTATCGTTGC > NC_000913/2513505‑2513802 | aaGATATCCTCGGCAAAATCTCCCGTAATCGTATGTACACCATGGCTGCCACGGCAATGTCCACCGTGTCGATGTCCATCGTTGGTGCATTCATGACCATGCTGGATCCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCa < 2:1598049/150‑1 (MQ=255) cTCGGCAAAATCTCCCGTAATCGTATGTACACCATGGCTGCCACGGCAATGTCCACCGTGTCGATGTCCATCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATc < 1:1328710/150‑1 (MQ=255) cTCGGCAAAATCTCCCGTAATCGTATGTACACCATGGCTGCCACGGCAATGTCCACCGTGTCGATGTCCATCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATc > 2:916532/1‑150 (MQ=255) tCGGCAAAATCTCCCGTAATCGTATGTACACCATGGCTGCCACGGCAATGTCCACCGTGTCGATGTCCATCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTGCTGAACATGTTCAGTAccagcgcag < 2:1626165/150‑8 (MQ=255) tCGGCAAAATCTCCCGTAATCGTATGTACACCATGGCTGCCACGGCAATGTCCACCGTGTCGATGTCCATCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTGCTGAACATGTTCAGTAccagcgcag < 2:1590392/150‑8 (MQ=255) cGGCAAAATCTCCCGTAATCGTATGTACACCATGGCTGCCACGGCAATGTCCACCGTGTCGATGTCCATCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGt > 2:675158/1‑150 (MQ=255) cGGCAAAATCTCCCGTAATCGTATGTACACCATGGCTGCCACGGCAATGTCCACCGTGTCGATGTCCATCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGt < 1:1421213/150‑1 (MQ=255) cGGCAAAATCTCCCGTAATCGTATGTACACCATGGCTGCCACGGCAATGTCCACCGTGTCGATGTCCATCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGt < 1:1414636/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |