| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,555,206 | 0 | G | A | 7.3% | 303.9 / 8.0 | 103 | intergenic (‑24/+22) | eutR/eutK | eut operon transcriptional activator, AraC family/putative ethanol utilization carboxysome structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/39); new base A (4/3); total (57/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTCATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTTTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTGCCGT > NC_000913/2555057‑2555353 | ttCATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTTTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAgg > 2:1161791/1‑150 (MQ=255)ttCATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTGTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAgg > 2:217431/1‑150 (MQ=255) cATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTTTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGac > 2:210559/1‑150 (MQ=255) 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aaTGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGc < 1:1344326/150‑1 (MQ=255) aaTGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGc > 1:1523905/1‑150 (MQ=255) gtGCCGGGTGTCCTACAACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGcc > 1:815133/2‑150 (MQ=255) gtGCCGGGTGTCCTACAACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCGGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGcc > 1:1094166/2‑150 (MQ=255) tGCCGGGTGTCCTACAACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCa > 1:1351846/1‑150 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCAc > 2:336836/1‑150 (MQ=255) ccGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACt < 2:1262975/150‑1 (MQ=255) ggttgtAGGCCACCCGGCACCTCCCACAGGTTAATGGGGCTTGAGCCGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTcc < 2:290121/149‑1 (MQ=255) ttgttgCACACCCGGCACCTCCGACATGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGTCTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTg < 1:1520159/150‑1 (MQ=255) ttgtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTg > 2:385668/1‑150 (MQ=255) tAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTGCCg > 1:1150848/1‑150 (MQ=255) aGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTGACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTGCCGt > 2:344443/1‑150 (MQ=255) | TTCATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTTTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTGCCGT > NC_000913/2555057‑2555353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |