| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,658,422 | C→G | 5.2% | A172P (GCG→CCG) | hscA ← | DnaK‑like molecular chaperone specific for IscU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,658,422 | 0 | C | G | 5.2% | 380.5 / 7.0 | 110 | A172P (GCG→CCG) | hscA | DnaK‑like molecular chaperone specific for IscU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/56); new base G (2/4); total (50/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGACGCTGGGCATCGTCAAAGTACGCCGGAACGGTGATAACTACACCATCCAGCTCGCCTGCCAGGGCTTCAGTTGCCCGCGCCGCCAGTGCTTTGAGGATGTCCGCAGAAACGCGCACCGGGTTCAGCAGCC > NC_000913/2658274‑2658571 | cTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGcgcc < 1:535352/150‑1 (MQ=255)cTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGGCATAAACGGCGATCACGCCGTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGAGAGCCGCAGCGGGCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGcgcc < 1:254429/150‑1 (MQ=255) tAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAATTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAgccgcgccgc > 2:326107/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |