| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,687,043 | G→T | 5.9% | intergenic (+18/+27) | hmp → / ← glnB | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2/regulatory protein P‑II for glutamine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,687,043 | 0 | G | T | 5.9% | 319.3 / 7.9 | 102 | intergenic (+18/+27) | hmp/glnB | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2/regulatory protein P‑II for glutamine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/49); new base T (4/2); total (51/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ATCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGAAACAGTTAGTGGATCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATGACCCGTGCCACGTCAAAGACGAAGATTTTACCGTCACCGATTTTGCCGGTTTGCGCCGTGCGAATAATGGTATCGACAC > NC_000913/2686895‑2687191 | tCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGAAACAGTTAGTGGATCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGaa > 1:1524354/1‑150 (MQ=255) cGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGAAACAGTTAGTGGAGCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAc < 2:1696981/150‑1 (MQ=255) aaTGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGAAACAGTTAGTGGATCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATcc > 1:596419/1‑150 (MQ=255) 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ggAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATGACCCGTGCCACGTCAAAGACGAAGATTTTACCGTCACCGATTTTGCCGGTTTGCGCCGTGCGAATAATGGTATCGacac < 2:95444/150‑1 (MQ=255) | ATCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGAAACAGTTAGTGGATCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATGACCCGTGCCACGTCAAAGACGAAGATTTTACCGTCACCGATTTTGCCGGTTTGCGCCGTGCGAATAATGGTATCGACAC > NC_000913/2686895‑2687191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |