| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,701,548 | A→T | 5.5% | L61Q (CTG→CAG) | pdxJ ← | pyridoxine 5'‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,701,548 | 0 | A | T | 5.5% | 339.3 / 3.7 | 112 | L61Q (CTG→CAG) | pdxJ | pyridoxine 5'‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/59); new base T (3/4); total (49/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCGTAGCGATATGG > NC_000913/2701399‑2701697 | cTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCa > 1:1427263/1‑150 (MQ=255) tGCGACATCCAAGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAg < 2:708152/150‑1 (MQ=255) gCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCGCCGGCGATCGCCCGCATCTCTTCGGTCCCCGCCATCTCCAGATTCCTGCGGGTATCCCGCGTCTGACGCAgg > 1:298995/1‑150 (MQ=255) 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tGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACcgcgcg < 2:52285/150‑1 (MQ=255) ggTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCTATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGtt < 2:1141322/150‑1 (MQ=255) caTCCTGCGTCAGACGCTGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTgc > 2:1575569/2‑150 (MQ=255) caTCCTGCGTCAGACGCTGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTgc > 2:1315235/2‑150 (MQ=255) caTCCTGCGTCAGACGCTGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCAGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTgc > 1:1035047/2‑150 (MQ=255) ccAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCa < 1:869879/150‑1 (MQ=255) gCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCg < 1:71062/150‑1 (MQ=255) gCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCg < 1:746777/150‑1 (MQ=255) tcagACGCTGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCGTAg < 1:1575569/147‑1 (MQ=255) gcagACGCTGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCGTAg < 1:1315235/147‑1 (MQ=255) gACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCGTAGCGa > 1:824686/1‑150 (MQ=255) gACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCGTAGCGa < 2:711420/150‑1 (MQ=255) aCGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGAt > 1:488037/1‑110 (MQ=255) aCGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGAt < 2:488037/110‑1 (MQ=255) gCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCGTAGCGatat > 2:499557/1‑150 (MQ=255) cAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCGTAGCGATATg < 1:491509/150‑1 (MQ=255) aGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCGTAGCGATATgg < 1:976421/150‑1 (MQ=255) | CTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGCAATAAACGCGGCCTGCACCGGATCCGGGTAAGCGGTACCGCGCGCGTTGCGCAGCGTAGCGATATGG > NC_000913/2701399‑2701697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |