Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,105,536 | G→C | 7.7% | intergenic (+24/‑178) | mltC → / → nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,105,536 | 0 | G | C | 7.7% | 271.5 / 13.1 | 92 | intergenic (+24/‑178) | mltC/nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/47); new base C (4/3); total (41/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-02 |
TATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAAC > NC_000913/3105389‑3105681 | tattatTAACACCATTACGCCGGGCTATGGTTATCAGAAGCTGAAGAACCGCCATCCCTCTGCGTAATCTCGCATGTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCt < 2:620928/150‑1 (MQ=255) tattaACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAg > 1:1437702/1‑150 (MQ=255) attaACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg < 2:768926/150‑1 (MQ=255) taACACCATTACGCCGGGCTATGTTTATCAGACGCTGACGACACGCGATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAATTACTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgggg < 2:1163454/150‑1 (MQ=255) taACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCAGACGATGCACAgggg < 2:1323763/150‑1 (MQ=255) aaCACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCACACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCCTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCCCAAAAAACCAACCGCCGCCCAAAATTACATAAACCTCCACTGACGAAGCTCAGGTGc > 1:348395/1‑150 (MQ=255) acacCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCa < 1:1658062/150‑1 (MQ=255) cacCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGAGCATCGTCAGGGGcgg < 2:924117/150‑3 (MQ=255) cacCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGAGCATCGTCAGGGGcgg < 2:1537843/150‑3 (MQ=255) cacCAAGACGCCGGGTGATGTTTATCAGACGCTGACGTCCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCaa < 1:1623452/150‑1 (MQ=255) acCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTTCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGACTACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGAGCATCGTCAGGGGcggt < 1:280080/150‑4 (MQ=255) acCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCaaa < 1:1391123/150‑1 (MQ=255) cATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCaaaaa < 2:1407485/150‑1 (MQ=255) aTGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCTTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTACATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAAt < 1:1338242/150‑1 (MQ=255) aTGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAAt < 2:313151/150‑1 (MQ=255) aTGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAAt > 2:468009/1‑150 (MQ=255) tGACTCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAATTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATg < 2:1640343/150‑1 (MQ=255) cGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAACTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGCCGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTa > 2:732642/1‑150 (MQ=255) gCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTAt > 2:781299/1‑150 (MQ=255) ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAACAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGCCGATGCTCAGGGGCAAAAATGTGATCcac > 1:1466072/1‑150 (MQ=255) ttATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAt < 2:1398514/150‑1 (MQ=255) ttATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAt < 2:69948/150‑1 (MQ=255) aTCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAttt < 2:962546/150‑1 (MQ=255) aGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGACGTTATCTATATAAACTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCATGACGATGCTCAGGGCCAAACATGTTATCCACATCACAATTTcat > 2:276650/1‑148 (MQ=255) gACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt < 1:581043/150‑1 (MQ=255) cGCTGACGACCCGCCATCCCTGTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtttt < 2:700484/150‑1 (MQ=255) gCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTg > 1:484297/1‑150 (MQ=255) tGACTACCCGCCATCCCTCTGCGGTTTCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCTAAAATCCTACCGCGGCCGATAATTCCATTAAGCCCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTGGTTTTGCa < 2:348395/150‑1 (MQ=255) gacgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCaa < 1:672573/150‑1 (MQ=255) acgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCaaa < 1:1112969/150‑1 (MQ=255) acCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTg > 1:1717200/1‑150 (MQ=255) gccaaaccTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAAATCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAGAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGTaa > 2:52503/7‑150 (MQ=255) tCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGtt > 2:1567911/1‑150 (MQ=255) 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ctgAATCTCTCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCATTGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAatta < 1:619668/148‑1 (MQ=255) cGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAatta < 2:605279/150‑1 (MQ=255) ggAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAattat > 1:926720/1‑150 (MQ=255) aTCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTg > 2:20037/1‑150 (MQ=255) ctcGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGcc < 2:713204/150‑1 (MQ=255) 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cGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCt < 1:1070494/150‑1 (MQ=255) gCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCtt < 2:1717200/150‑1 (MQ=255) gCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCtt > 1:379855/1‑150 (MQ=255) gCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGAGAAGTTGATAGAATCCCCTCATCTCGCACGGTCAAATGAGCtt > 1:208186/1‑150 (MQ=255) ccccTGAGCATCGTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCttt > 2:1193713/1‑150 (MQ=255) ccccTGAGCATCGTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCttt > 1:514813/1‑150 (MQ=255) ccccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGAGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCttt > 1:96539/1‑150 (MQ=255) ccccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGAGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCttt < 2:96539/150‑1 (MQ=255) ccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCttttt > 2:870463/1‑150 (MQ=255) cTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTc < 1:20037/150‑1 (MQ=255) tGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCa < 2:412068/150‑1 (MQ=255) cGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAac < 2:1466072/150‑1 (MQ=255) cGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAac < 1:507189/150‑1 (MQ=255) cGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAac < 1:389885/150‑1 (MQ=255) | TATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAAC > NC_000913/3105389‑3105681 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |