| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,136,628 | T→G | 6.0% | intergenic (‑257/+35) | pitB ← / ← gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,136,628 | 0 | T | G | 6.0% | 514.8 / 17.8 | 166 | intergenic (‑257/+35) | pitB/gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (86/70); new base G (2/8); total (88/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CTTGTGTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACC > NC_000913/3136479‑3136777 | cTTGTGTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGattatt > 1:1133770/1‑150 (MQ=255) gtgtATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATTAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAAACCCCGTACTGATTAtactt > 2:107381/1‑150 (MQ=255) tgtATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTAttcttc > 2:672288/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |