| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,136,632 | C→A | 6.1% | intergenic (‑261/+31) | pitB ← / ← gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,136,632 | 0 | C | A | 6.1% | 526.3 / 17.1 | 172 | intergenic (‑261/+31) | pitB/gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/74); new base A (3/8); total (90/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TGTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTG > NC_000913/3136483‑3136779 | tgtATCAGACAATAAGGATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTAttcttc < 1:822776/150‑1 (MQ=255)tgtATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTAttcttc > 2:672288/1‑150 (MQ=255) aTCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTATTAATa > 1:1018414/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |