| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 329,512 | T→A | 5.1% | V17E (GTG→GAG) | betT → | choline transporter of high affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 329,512 | 0 | T | A | 5.1% | 392.0 / 8.3 | 137 | V17E (GTG→GAG) | betT | choline transporter of high affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/65); new base A (3/4); total (65/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
ATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGCTCTATAT > NC_000913/329364‑329659 | aTCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGgtggtg > 2:612178/1‑150 (MQ=255) cTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGtt > 1:1174119/1‑150 (MQ=255) cTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAAAGTGACTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGtt > 2:1545097/1‑150 (MQ=255) 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ggACAAAATCAATCCGGGGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATctgct < 1:849867/150‑1 (MQ=255) caaCAAAATCAGTCCGGCGGAGGTGTAAAACACCACCGGATTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATctgct > 2:122836/3‑150 (MQ=25) caatcCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAAc < 2:1420273/150‑1 (MQ=255) atcCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGc > 1:973976/1‑150 (MQ=255) ccGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGctc < 2:351415/150‑1 (MQ=255) ccGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACGATCTGCTGGCGGCCACGctc > 1:852502/1‑150 (MQ=255) cGGTGGTGTTTAACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGctct > 2:772867/1‑150 (MQ=255) ggtggtTTGTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTATCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTTGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGCTCta < 1:395114/150‑1 (MQ=255) gtggtgTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGCTCtat < 1:177888/150‑1 (MQ=255) tggtgTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGCTCtata > 2:1429788/1‑150 (MQ=255) ggtgTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGCTCTatat > 1:1259745/1‑150 (MQ=255) ggtgTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGCTCTatat < 1:568501/150‑1 (MQ=255) | ATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGCTCTATAT > NC_000913/329364‑329659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |