| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,442,572 | A→G | 6.1% | intergenic (‑101/+46) | rpsM ← / ← rpmJ | 30S ribosomal subunit protein S13/50S ribosomal subunit protein L36 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,442,572 | 0 | A | G | 6.1% | 339.3 / 9.5 | 115 | intergenic (‑101/+46) | rpsM/rpmJ | 30S ribosomal subunit protein S13/50S ribosomal subunit protein L36 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/58); new base G (4/3); total (54/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CGGCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGAAG > NC_000913/3442426‑3442721 | cGGCATTCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCt < 1:505881/150‑1 (MQ=255) ggCATGCTTATGATCAGGAATGTTTATGCCTGCTATACGTGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCATATGGAAACGCAGAGTCATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTa < 1:1626467/150‑1 (MQ=255) gCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAg < 1:959534/150‑1 (MQ=255) 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aTTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAAtt < 1:146650/150‑1 (MQ=255) aTTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAAtt < 1:354294/150‑1 (MQ=255) tgagctggctAGATTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAAttt > 1:122659/4‑150 (MQ=255) gagctggctAGATTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTc > 1:1647695/3‑150 (MQ=255) ggctggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCt > 1:879774/1‑150 (MQ=255) ctggatAATCTAGCCAGATCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTg < 1:328838/150‑1 (MQ=255) ggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGAc > 2:877963/1‑150 (MQ=255) ggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGAc < 2:897646/150‑1 (MQ=255) ctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACgg > 2:437364/1‑150 (MQ=255) ctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACgg > 2:354268/1‑150 (MQ=255) aTCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGAAg > 1:129672/1‑150 (MQ=255) aTCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGAAg > 1:915395/1‑150 (MQ=255) | CGGCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGAAG > NC_000913/3442426‑3442721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |