Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,470,109 | A→G | 7.4% | intergenic (‑256/+36) | chiA ← / ← tufA | periplasmic endochitinase/translation elongation factor EF‑Tu 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,470,109 | 0 | A | G | 7.4% | 418.6 / 18.3 | 150 | intergenic (‑256/+36) | chiA/tufA | periplasmic endochitinase/translation elongation factor EF‑Tu 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/63); new base G (2/9); total (78/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
AGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTA‑ACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTAACAACCATT > NC_000913/3469960‑3470256 | aGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCt > 2:1451317/1‑150 (MQ=255) gCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCtt < 1:747655/150‑1 (MQ=255) gCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCtt < 2:933531/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |