| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,577,657 | A→G | 5.4% | intergenic (‑65/+74) | gntK ← / ← gntR | gluconate kinase 2/d‑gluconate inducible gluconate regulon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,577,657 | 0 | A | G | 5.4% | 437.8 / 10.6 | 148 | intergenic (‑65/+74) | gntK/gntR | gluconate kinase 2/d‑gluconate inducible gluconate regulon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/70); new base G (5/3); total (75/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CCACTTCACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGACAATATCAGAAGCAATATCCATCCATGCCTTAAGTGTATAAGTGTGAGCTACTTCAAATTTGTGGGCTTAAATAGATCCGCCCGGTGACAAGGTGAAACCTAAATCTAACATTTTCGGTGTCACAGATTCGCCACGAATACGC > NC_000913/3577508‑3577806 | cACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGa < 1:748175/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTCTCGGTAACATTGTCCAGCCGGAc < 2:822000/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGAc < 1:1576282/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |