Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,648,359 | G→T | 6.8% | noncoding (66/84 nt) | agrB → | antisense sRNA antitoxin for the DinQ toxin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,648,359 | 0 | G | T | 6.8% | 395.9 / 11.5 | 142 | noncoding (66/84 nt) | agrB | antisense sRNA antitoxin for the DinQ toxin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/59); new base T (6/4); total (79/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.85e-01 |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAGCTGAAGAAATCGCTAATTCTTGCAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTCTGCACTTACACATTCGTTAAGTCATATATGTTTTTGACTTATCCGCTTCGAAGAGAGACACTACC > NC_000913/3648210‑3648506 | gATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAGCTGAAGAAATCGCTAATTCTTGCAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACg > 1:731561/1‑150 (MQ=255) atataCCGAAGTGCTCCCTCCGCCAGCTGAAGAAATCGCTATTTATTGCAATGTTAGACACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACTATCTCACTACAGACAGAGCCACCAACTCAGGGATGGAAAGTAAAAAACCGACGCaa > 1:1687406/1‑150 (MQ=38) ctccctccGCCAGCTGAAGAAATCGCTAATTCTTGCAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACTTTGCGTCGGtttttta < 1:959673/150‑2 (MQ=38) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |