| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,654,554 | T→A | 5.2% | intergenic (+27/‑129) | slp → / → dctR | outer membrane lipoprotein/Putative LuxR family repressor for dicarboxylate transport |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,654,554 | 0 | T | A | 5.2% | 460.0 / 9.5 | 152 | intergenic (+27/‑129) | slp/dctR | outer membrane lipoprotein/Putative LuxR family repressor for dicarboxylate transport |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/73); new base A (3/5); total (74/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGG > NC_000913/3654405‑3654703 | gTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTtct < 1:325151/150‑1 (MQ=255) tGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTtctc < 2:1571640/150‑1 (MQ=255) gggTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGGGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTtctc < 2:1133131/149‑1 (MQ=255) 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tcAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAgg < 1:186006/150‑1 (MQ=255) | GTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGG > NC_000913/3654405‑3654703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |