| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,736,226 | T→C | 7.0% | intergenic (+69/+127) | xylR → / ← bax | xylose divergent operon transcriptional activator/putative glucosaminidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,736,226 | 0 | T | C | 7.0% | 409.7 / 16.9 | 142 | intergenic (+69/+127) | xylR/bax | xylose divergent operon transcriptional activator/putative glucosaminidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/69); new base C (8/2); total (71/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.69e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACC > NC_000913/3736079‑3736375 | ttCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATc > 2:655833/1‑150 (MQ=255) tCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGTGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATcc < 1:310330/150‑1 (MQ=255) tACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGa < 2:1614578/150‑1 (MQ=255) 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ttGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCa > 2:1128937/1‑150 (MQ=255) gTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAAt > 1:1224942/1‑150 (MQ=255) gcGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAAtt < 2:682273/149‑1 (MQ=255) cGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTa > 1:395579/1‑150 (MQ=255) cGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCAGAGACAAAGTAAAACGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTa > 1:113113/1‑150 (MQ=255) 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gcggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCTCCCACACCGCTTCAGGCTCGTAGCTCCACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCTAGGAAATGCAATCCCatat > 1:224651/1‑150 (MQ=255) cggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCATGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATg < 1:918796/150‑1 (MQ=255) cggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATg > 1:1670464/1‑150 (MQ=255) cggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCAACAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATg < 1:1344133/150‑1 (MQ=255) ggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATgc > 1:1382837/1‑150 (MQ=255) gTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATa < 2:724110/119‑1 (MQ=255) gTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGcgcc < 2:1123187/150‑1 (MQ=255) tGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGcgccg > 1:328586/1‑150 (MQ=255) aCGCCATATCCGACCTACCCGCCAGGCAAGATAAAACGCACCAACACCGCTTCAGTCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGGAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGACGCATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACAAATGCGCCGCGa > 2:340394/1‑150 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTTTCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGAt < 1:870276/150‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGAt < 2:21914/150‑1 (MQ=255) tATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAAcc < 2:943300/150‑1 (MQ=255) | TTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACC > NC_000913/3736079‑3736375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |