| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 397,560 | A→T | 5.5% | N308Y (AAC→TAC) | sbmA → | peptide antibiotic transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 397,560 | 0 | A | T | 5.5% | 280.0 / 2.2 | 94 | N308Y (AAC→TAC) | sbmA | peptide antibiotic transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/46); new base T (4/2); total (46/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GGCAGTGGTAGGGATCAAACTGCCGGGGCTGGAGTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTCTCTATTTGCAGGTCGATAACGTTTTCGGTTTGTTCTTGCTGTTTCCGTCAATTGTTGCCGGTACGATTACGCTCGGCCTGATGACGCAGATTACCAA > NC_000913/397412‑397708 | ggCAGTGGTAGGGATCAAACTGCCGGGGCTGGAGTTTAAAAACCAGCGTGAAGAGGCTGCCAACCGTAAAGAGCTGGTTTAAGGTGAAGACGATGCCCCGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGGTGTTTAGCGCCGTACGGaaaaa > 2:104178/1‑150 (MQ=255) gCAGTGGTAGGGATCAAACTGCCGGGGCTGGAGTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAAc < 1:1590775/150‑1 (MQ=255) aGTGGTAGGGATCAAACTGCCGGGGCTGGAGTTTAAAACCCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTa > 2:832361/1‑150 (MQ=255) 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gATCAAACTGCCGGGGCTGGAGTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCct > 2:723686/1‑150 (MQ=255) aTCAAACTGCCGGGGCTGGAGTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCctc < 2:54884/150‑1 (MQ=255) cAAACTGCCGGGGCTGGAGTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTATATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTa > 1:1009733/1‑150 (MQ=255) aCTGCCGGGGCTGGAGTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTAttt < 2:3491/150‑1 (MQ=255) aCTGCCGGGGCTGGAGTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTAttt > 1:173630/1‑150 (MQ=255) 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gtAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCAtt < 1:1151653/150‑1 (MQ=255) gtAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCAtt < 2:951915/150‑1 (MQ=255) gagGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATtctc > 2:1277319/1‑150 (MQ=255) tggCTGCCTACCGTAAAGAGCTTGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACTCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTctct < 2:1009733/149‑1 (MQ=255) ggcggcCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTCTCTa < 2:1063878/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |