| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 404,113 | A→C | 5.8% | A137A (GCA→GCC) | yaiC → | diguanylate cyclase, cellulose regualtor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 404,113 | 0 | A | C | 5.8% | 275.8 / 6.6 | 97 | A137A (GCA→GCC) | yaiC | diguanylate cyclase, cellulose regualtor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/45); new base C (4/2); total (50/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
CGAGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATCCTCTGC > NC_000913/403965‑404261 | cGAGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAg > 2:1634455/1‑150 (MQ=255) aGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAggc > 2:435746/1‑150 (MQ=255) ggCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGccc < 2:967788/150‑1 (MQ=255) 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tttGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCAt > 1:548812/1‑150 (MQ=255) acagacgggggCCGCCTGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTGCCATTATTGTCAt > 1:1015347/7‑150 (MQ=255) cagacgggggCCGCCTGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCAtt > 1:1663377/6‑150 (MQ=255) gatcgcggCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGCTGTTGATGGTGGATTCCAGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTa < 2:729135/144‑1 (MQ=255) gacgggggCCGCCTGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGAGGGTGGGTTCCTGCCTTGTCCCCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGGCGTTCACTCGTGCGCCGCTGGAATGGTGGGTCTCCCTTCGCAGTATTGTCAgttt > 1:1545022/4‑149 (MQ=255) aTGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCCCCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCACTGGATTGGTGGCTATCCCTTCCCATTATTGTATTTTaa > 2:320992/1‑149 (MQ=255) tGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATc > 1:969868/1‑150 (MQ=255) tGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATc > 1:201267/1‑150 (MQ=255) tGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATc < 1:1606960/150‑1 (MQ=255) cgggggCCGCCTGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATc > 2:708850/2‑150 (MQ=255) gggggCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATcc < 1:533366/150‑1 (MQ=255) gggggCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATcc < 2:1457678/150‑1 (MQ=255) gggCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGGTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATCctc < 2:1246679/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATCCTctgc < 1:771871/150‑1 (MQ=255) | CGAGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATCCTCTGC > NC_000913/403965‑404261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |