| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,891,506 | C→G | 6.7% | intergenic (+23/‑109) | tnaB → / → mdtL | tryptophan transporter of low affinity/multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,891,506 | 0 | C | G | 6.7% | 437.5 / 17.6 | 134 | intergenic (+23/‑109) | tnaB/mdtL | tryptophan transporter of low affinity/multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/67); new base G (6/3); total (64/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.11e-02 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GTTTCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACT > NC_000913/3891357‑3891655 | gTTTCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTc < 1:350127/150‑1 (MQ=255) tttCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCg < 1:655061/150‑1 (MQ=255) ttCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGc > 2:732037/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |