| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,075,521 | G→A | 5.1% | intergenic (+67/‑32) | yihW → / → yihX | putative transcriptional regulator for sulphoquinovose utilization/alpha‑D‑glucose‑1‑phosphate phosphatase, anomer‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,075,521 | 0 | G | A | 5.1% | 435.3 / 5.1 | 134 | intergenic (+67/‑32) | yihW/yihX | putative transcriptional regulator for sulphoquinovose utilization/alpha‑D‑glucose‑1‑phosphate phosphatase, anomer‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/69); new base A (5/2); total (63/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CCGACGAGCTGCCGCCCGCTGCGCTAAAATCACGCTTACAAGACAGCCAAATTGAAATCATTCTTCCCCAGGAAGACGCGTAGATTTTTGTGACCGTTAACCTGGCTTCATACCTTGCCACATAGCCAAACCCATCCTTTCCCGCTACAGTTAATTTCTTGTGGCGCGAAAGGAGGCAAAAATGCTCTATATCTTTGATTTAGGTAATGTGATTGTCGATATCGACTTTAACCGTGTGCTGGGAGCCTGGAGCGATTTAACGCGTATTCCGCTGGCATCGCTTAAGAAGAGTTTTCAT > NC_000913/4075372‑4075669 | ccGACGAGCTGCCGACCGCTGCGATAAAATCACGCTTACAAGACATCCAAATTGAAATCATTCTTCCCCAGGAAGAAGATTAGATTTTTGTGACCGTTAACCTTTCTTCATACCTTGCCACATAGCCAACCACATACTTTACCGCTACAg > 1:1513497/1‑150 (MQ=255) gacgaGCTGCCGCCCGCTGCGCTAAAATCACGCTTACAAGACAGCCAAATTGAAATCATTCTTCCCCAGGAAGCCGCGTAGATTTTTGTGACCGTTAACCTGGCTACATACCTTGCCACATAGCCAAACCCATCCTTTCCCGCTACAGtt > 1:1487309/1‑150 (MQ=255) gacgaGCTGCCGCCCGCTGCGCTAAAATCACGCTTACAAGACAGCCAAATTGAAATCATTCTTCCCCAGGAAGACGCGTAGATTTTTGTGACCGTTAACCTGGCTTCATACCTTGCCACATAGCCAAACCCATCCTTTCCCGCTACAGtt > 2:710328/1‑150 (MQ=255) 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tACAGTTAATTTCTTGTGGCGCGAAAGGAGGCAAAAATGCTCTATATCTTTGATTTAGGTAATGTGATTGTCGATATCGACTTTAACCGTGTGCTGGGAGCCTGGAGCGATTTAACGCGTATTCCGCTGGCATCGCTTAAGAAGAGtttt > 1:294327/1‑150 (MQ=255) cAGTTAATTTCTTGTGGCGCGAAAGGAGGCAAAAATGCTCTATATCTTTGATTTAGGTAATGTGATTGTCGATATCGACTTTAACCGTGTGCTGGGAGCCTGGAGCGATTTAACGCGTATTCCGCTGGCATCGCTTAAGAAGAGTTTTCa < 1:499004/150‑1 (MQ=255) | CCGACGAGCTGCCGCCCGCTGCGCTAAAATCACGCTTACAAGACAGCCAAATTGAAATCATTCTTCCCCAGGAAGACGCGTAGATTTTTGTGACCGTTAACCTGGCTTCATACCTTGCCACATAGCCAAACCCATCCTTTCCCGCTACAGTTAATTTCTTGTGGCGCGAAAGGAGGCAAAAATGCTCTATATCTTTGATTTAGGTAATGTGATTGTCGATATCGACTTTAACCGTGTGCTGGGAGCCTGGAGCGATTTAACGCGTATTCCGCTGGCATCGCTTAAGAAGAGTTTTCAT > NC_000913/4075372‑4075669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |