| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,185,307 | A→T | 7.1% | intergenic (+34/‑43) | rpoB → / → rpoC | RNA polymerase, beta subunit/RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,185,307 | 0 | A | T | 7.1% | 391.4 / 12.8 | 135 | intergenic (+34/‑43) | rpoB/rpoC | RNA polymerase, beta subunit/RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/66); new base T (6/4); total (65/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
ATAAAAACATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTAAAACCCGGCAGCGGATTGTGCTAACTCCGACGGGAGCAAATCCGTGAAAGATTTATTAAAGTTTCTGAAAGCGCAGACTAAAACCGAAGAGTTTGATGCGATCAAAATTGCTCTGGCTTCGCCAGACATGATCCGTTCATGGTCTTTCGG > NC_000913/4185158‑4185456 | ataAAAACATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCATCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTaa > 1:136621/1‑150 (MQ=255) taAAAACATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGATGGGTATCAACATCTAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTaaa > 1:1215325/1‑150 (MQ=255) aaaaaCATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTaaaa < 1:1360060/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |