| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 446,786 | C→T | 5.9% | intergenic (‑120/+29) | yajR ← / ← cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 446,786 | 0 | C | T | 5.9% | 430.8 / 7.0 | 134 | intergenic (‑120/+29) | yajR/cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/64); new base T (4/4); total (66/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CTCACCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGATTCT > NC_000913/446637‑446934 | ctcACCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGcc < 2:1001890/150‑1 (MQ=255) ctacTGGCGTCATTTTATAATCTTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTATAGCGGTACACGAATTGGGTATACATGCTGATTATTTAGTAAATATTTCGATAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAATAAAGGTGCCGt < 2:1363326/147‑1 (MQ=255) aCCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTa < 1:48396/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |