| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 446,787 | G→A | 5.9% | intergenic (‑121/+28) | yajR ← / ← cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 446,787 | 0 | G | A | 5.9% | 430.2 / 8.7 | 135 | intergenic (‑121/+28) | yajR/cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/64); new base A (4/4); total (67/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CACCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGATTCT > NC_000913/446639‑446934 | ctacTGGCGTCATTTTATAATCTTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTATAGCGGTACACGAATTGGGTATACATGCTGATTATTTAGTAAATATTTCGATAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAATAAAGGTGCCGt < 2:1363326/147‑1 (MQ=255) cTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGc < 2:1409248/150‑1 (MQ=255) gggCGTCATTTTATATTCGTTCATTAACACCTCTGTTTTAAATTAGCGAATAGTGTAATGCGGCAATCGATTGGGGTAAACATGCTGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATTTTTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCa < 1:270472/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |