| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,281,679 | T→G | 5.0% | intergenic (+50/+104) | yjcE → / ← yjcF | putative cation/proton antiporter/pentapeptide repeats protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,281,679 | 0 | T | G | 5.0% | 515.2 / 13.0 | 159 | intergenic (+50/+104) | yjcE/yjcF | putative cation/proton antiporter/pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/66); new base G (3/5); total (88/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CCACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAC > NC_000913/4281530‑4281827 | ccaccTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCt < 2:1400128/150‑1 (MQ=255)ccaccTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCt > 1:1419450/1‑150 (MQ=255) accTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCttt > 1:885463/1‑150 (MQ=255) 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cacGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAAAAGATTGCACCtttttc < 2:896049/150‑4 (MQ=255) gagaTCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTGTGCACCTTTAACAGGtt > 2:1100122/1‑150 (MQ=255) gaTCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAg < 1:205680/150‑1 (MQ=255) cggaaGCGACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAg < 2:768720/146‑1 (MQ=255) aGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCg < 1:1205713/150‑1 (MQ=255) 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cTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCat > 1:1534411/1‑149 (MQ=255) cTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAg < 1:960475/150‑1 (MQ=255) cTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAg < 2:73631/150‑1 (MQ=255) tGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGt > 1:1707883/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACACGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCAAAAACAAATAAATTATCTCTATTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAAACTCAATCTGCATCATGCATAATATCTGCAGTa > 2:567604/1‑150 (MQ=255) taaaGGTGCAAAAGATTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTTACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAAt > 2:1621766/2‑150 (MQ=255) aaGGTGCAAAAGATTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCt > 2:105586/1‑150 (MQ=255) gTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCa > 2:49153/1‑150 (MQ=255) gTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAACCTTCa > 2:1468739/1‑150 (MQ=255) tGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCAt > 2:703844/1‑150 (MQ=255) cTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCTACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAc > 2:176117/1‑150 (MQ=255) cTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAc < 2:1672231/150‑1 (MQ=255) | CCACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAC > NC_000913/4281530‑4281827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |