| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 446,789 | A→G | 6.1% | intergenic (‑123/+26) | yajR ← / ← cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 446,789 | 0 | A | G | 6.1% | 386.1 / 10.1 | 132 | intergenic (‑123/+26) | yajR/cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/61); new base G (4/4); total (66/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
ACCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGATTCTGTCA > NC_000913/446640‑446938 | aCCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTa < 1:48396/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGTCATTTTATAATGGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTAGCTAATAGTGTATAGGGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCTTATTTTTTAGTAAATATTTCGATAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAATGTGCCGTAg < 2:1056225/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGc < 2:1409248/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |