| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,392,231 | T→A | 5.8% | intergenic (+82/‑129) | orn → / → glyV | oligoribonuclease/tRNA‑Gly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,392,231 | 0 | T | A | 5.8% | 348.2 / 4.7 | 116 | intergenic (+82/‑129) | orn/glyV | oligoribonuclease/tRNA‑Gly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/56); new base A (3/4); total (56/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CGATGGATGATATCCGTGAATCGGTGGCGGAGCTGGCTTACTACCGCGAGCATTTTATCAAGCTGTAAAATTTTTCCTGGTCACGTAAGCGCCGGAATCCACTTGCGGCGGCGTGATTTTGACGCTAAATTGAACGTCTTGCTGATAATTTCAGCACTTGAGATAAAAACGCAAAAAAAACTTTTTTGGGGGGTTGCAGAGGGAAAGATTTCTCGTATAATGCGCCTCCCGTAACGACGCAGAAATGCGAAAATTACGAAAGCAAAATTAAGTAGTACGCGGGAATAGCTCAGTTGGT > NC_000913/4392082‑4392379 | cGATGGATGATTTCCTTGACTCGGTGGCTTAGCTGGCTTAGTACCGCGATCATTTTATGAATCTGTAAAATTTTTCCTGGTCTCGTAAGCGCCGGAATCCACTTGCGGCGGCGTGATTTTGACGCTAAATTGAACGTCTTGCTGATAAtt < 1:337289/150‑1 (MQ=255) gatggatgATATCCGTGAATCGGTGGCGGAGCTGGCTTACTACCGCGAGCATTTTATCAAGCTGTAAAATTTTTCCTGGTCACGTAAGCGCCGGAATCCACTTGCGGCGGCGTGATTTTGACGCTAAATTGAACGTCTTGCTGATAAttt > 1:732413/1‑150 (MQ=255) gatggatgATATCCGTGAATCGGTGGCGGAGCTGGCTTACTACCGCGAGCATTTTATCAAGCTGTAAAATTTTTCCTGGTAACGTAAGCGCCGGAATCCACTTTCGGCGCCGTGATTTTGACGCTAAATTGAACGTCTTGCTGAAAAttt > 2:1344084/1‑150 (MQ=255) 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tCCGTGAATCGGTGGCGGAGCTGGCTTACTACCGCGAGCATTTTATCAAGCTGTAAAATTTTTCCTGGTCACGTAAGCGCCGGAATCCACTTGCGGCGGCGTGATTTTGACGCTAAATTGAACGTCTTGCTGAAATTATCAGCaagacgt < 1:786254/150‑7 (MQ=255) ccGTGAATCGGTGGCGGAGCTGGCTTACTACCGCGAGCATTTTATCAAGCTGTAAAATTTTTCCTGGTCACGTAAGCGCCGGAATCCACTTGCGGCGGCGTGATTTTGACGCTAAATTGAACGTCTTGCTGATGATTTCAGCACTTgaga < 1:439081/150‑1 (MQ=255) ccGTGAATCGGTGGCGGAGCTGGCTTACTACCGCGAGCATTTTATCAAGCTGTAAAATTTTTCCTGGTCACGTAAGCGCCGGAATCCACTTGCGGCGGCGTGATTTTGACGCTAAATTGAACGTCTTGCTGAAATTATCAGCaagacgtt < 2:144282/150‑8 (MQ=255) cGTGAATCGGTGGCGGAGCTGGCTTACTACCGCGAGCATTTTATCAAGCTGTAAAATTTTTCCTTGTCACGTAAGCGCCGGAATCCACTTGCGGCGGCGTGATTTTGACGCTAAATTGAACGTCTTGCTGATAATTTCAGCACTTGAGAt < 2:837756/150‑1 (MQ=255) cGTGAATCGGTGGCGGAGCTGGCTTACTACCGCGAGCATTTTATCAAGCTGTAAAATTTTTCCTGGTCACGTAAGCGCCGGAATCCACTTGCGGCGGCGTGATTTTGACGCTAAATTGAACGTCTTGCTGATAATTTCAGCACTTGAGAt < 1:364611/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |