Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 458,742 | T→A | 7.9% | intergenic (+42/‑146) | clpX → / → lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 458,742 | 0 | T | A | 7.9% | 286.1 / 11.4 | 101 | intergenic (+42/‑146) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/55); new base A (2/6); total (40/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATGGAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATG > NC_000913/458593‑458890 | aTGGAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGAtt > 1:326708/1‑150 (MQ=255) gAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACGGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTa > 2:944211/1‑150 (MQ=255) aCGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAATCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGTGGGGATTTTAtctt > 2:1033819/1‑149 (MQ=255) 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ggATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTAATATGATTACCTGGCGGAAATTAAACAAATAGAGAGctct > 1:174974/1‑150 (MQ=255) ttttATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATg < 1:1265021/150‑1 (MQ=255) | ATGGAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATG > NC_000913/458593‑458890 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |