| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,548,400 | G→A | 5.4% | C39Y (TGT→TAT) ‡ | fimG → | minor component of type 1 fimbriae |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,548,400 | 0 | G | A | 5.4% | 476.8 / 9.4 | 147 | C39Y (TGT→TAT) ‡ | fimG | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/73); new base A (5/3); total (71/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCA > NC_000913/4548251‑4548549 | cTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCgtg < 2:1361542/150‑1 (MQ=255)cTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCgtg < 2:58445/150‑1 (MQ=255) ttCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCgtgt < 2:470597/150‑1 (MQ=255) 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tatCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTccacc < 1:1122162/150‑1 (MQ=255) tatCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTACACGGtttggcga < 1:780787/150‑6 (MQ=255) atCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTccacaa > 2:1165205/1‑148 (MQ=255) aaCTGGAGATGCTCATGAAATGGGGCAAACGGGGGTATGTATTGGCCGCAATATTGGCGCTCGGAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGGCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATg < 2:426605/150‑1 (MQ=255) aaCTGCAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGAGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTATCCACCACCAATg > 1:1030239/1‑150 (MQ=255) 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CTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCA > NC_000913/4548251‑4548549 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |