| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,592,203 | A→G | 7.3% | S183G (AGC→GGC) | tsr → | methyl‑accepting chemotaxis protein I, serine sensor receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,592,203 | 0 | A | G | 7.3% | 351.0 / 13.8 | 123 | S183G (AGC→GGC) | tsr | methyl‑accepting chemotaxis protein I, serine sensor receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/52); new base G (6/3); total (68/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TGCGCTGGCGGAGCTGATCCAACTGTTAGGTGCAGGCAAAATCAACGAGTTCTTTGATCAGCCGACCCAGGGATATCAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGTCATCTTCGCCGTCTGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGCCAATGAATCGCCTGATTGACAGCATTCGTCATAT > NC_000913/4592058‑4592351 | tGCGCTGGCGGAGCTGATCCAACTGTTAGGTGCAGGCAAAATCAACGAGTTCTTTGATCAGCCGACCCAGGGATATCAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGa < 2:606003/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGGAGCTGATCCAACTGTTAGGTGCAGGCAAAATCAACGAGTTCTTTGATCAGCCGACCCAGGGATATCAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGAt < 1:824009/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGAGCTGATCCAACTTTTTGGTGTAGGCAAAATCAACTAGTTCTTTGATCAGCGGACCCAGGTATATGAGGACGGTTTCGTGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGGAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAAc < 2:318686/150‑1 (MQ=255) 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tatCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGTCATCTTCGCCGTCTGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGCCAATGAATCGCCTGATTGACAGCAt < 1:285899/150‑1 (MQ=255) tCGCCGTTAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGTCATCTTCGCCGTCTGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGCCAATGAATCGCCTGATTGACAGCATTc < 1:1096170/150‑1 (MQ=255) ccGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGTCATCTTCGCCGTCTGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGCCAATGAATCGCCTGATTGACAGCATTCGTc < 2:1671177/150‑1 (MQ=255) cGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGTCATCTTCGCCGTCTGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGCCAATGAATCGCCTGATTGACAGCATTCGTCa < 2:1477739/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGTCATCTTCGCCGTCTGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGCCAATGAATCGCCTGATTGACAGCATTCGTCat > 2:435673/1‑150 (MQ=255) cAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGTCATCTTCGCCGTCTGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGCCAATGAATCGCCTGATTGACAGCATTCGTCatat > 2:964204/1‑150 (MQ=255) cAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGTCATCTTCGCCGTCTGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGCCAATGAATCGCCTGATTGACAGCATTCGTCatat > 2:980804/1‑150 (MQ=255) | TGCGCTGGCGGAGCTGATCCAACTGTTAGGTGCAGGCAAAATCAACGAGTTCTTTGATCAGCCGACCCAGGGATATCAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGTCATCTTCGCCGTCTGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGCCAATGAATCGCCTGATTGACAGCATTCGTCATAT > NC_000913/4592058‑4592351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |