| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 681,699 | T→A | 12.7% | intergenic (+36/+24) | djlC → / ← hscC | J domain‑containing HscC co‑chaperone; Hsc56/Hsp70 family chaperone Hsc62; RpoD‑binding transcription inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 681,699 | 0 | T | A | 12.7% | 197.8 / 15.0 | 78 | intergenic (+36/+24) | djlC/hscC | J domain‑containing HscC co‑chaperone; Hsc56/Hsp70 family chaperone Hsc62; RpoD‑binding transcription inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/31); new base A (2/8); total (39/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAAAAAATGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGTTTACGCCGCATCCGGCAGCCGTGTTTATGGGATCTCAATGGCTAAATAATCGCTCGCCCGCCGCCGAACTTCATCCACGCGGGCCATATCGTTTGACTGCAACGCCGCATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGCTCG > NC_000913/681550‑681846 | taaaaaaaTGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGtt < 1:342779/149‑1 (MQ=255) aaaaaaaTGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGTAGCGttt < 2:207663/150‑1 (MQ=255) aaaaaaTGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGTTTa < 2:1459353/150‑1 (MQ=255) aaaaaaTGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAAACGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGTTTa > 1:715566/1‑150 (MQ=255) aaaaTGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGTTTAcg < 1:1076295/150‑1 (MQ=255) aaaaTGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGTTTAcg > 1:1392034/1‑150 (MQ=255) aaaaTGATGAGGGGGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGTTTAcg < 2:406592/150‑1 (MQ=255) atgatgAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGTTTAcgccg < 1:760046/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |