| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 693,030 | C→A | 5.3% | V117L (GTA→TTA) | ybeZ ← | heat shock protein, putative NTPase; PhoH‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 693,030 | 0 | C | A | 5.3% | 291.6 / 3.2 | 94 | V117L (GTA→TTA) | ybeZ | heat shock protein, putative NTPase; PhoH‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/52); new base A (3/3); total (39/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGAATTTCCTGACGCTCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGCAGTATCGACAT > NC_000913/692881‑693179 | gCGAATTTCCTGACGCTCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAc > 2:99477/1‑150 (MQ=255) cGAATTTCCTGACGCTCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcg > 2:116806/1‑150 (MQ=255) ccTGACGCTCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCAACTTCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCACCGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGAACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTTCGCCGCGtt > 1:540206/1‑150 (MQ=255) cTGACGCTCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcac < 1:769547/150‑4 (MQ=255) cTGACGCTCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcac < 2:55981/150‑4 (MQ=255) tGACGCTCCAGGGCATCACCTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGCTGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAAGTACGCCGCGGTTg > 1:1021796/1‑150 (MQ=255) tGACGCTCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCTTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcacg < 2:149543/150‑5 (MQ=255) gACGCTCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTgg > 1:1418784/1‑150 (MQ=255) tCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTg > 2:1655469/1‑150 (MQ=255) tCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTg < 1:1708446/150‑1 (MQ=255) cAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCATGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGATTATTGGCTATTTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTTATTACGCCGCGTTTGGTTTTGat < 2:968863/150‑1 (MQ=255) cAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGat > 2:374114/1‑150 (MQ=255) cAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGat < 1:1205925/150‑1 (MQ=255) gggCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGatat > 2:421818/1‑150 (MQ=255) ggCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATAtt > 2:877507/1‑150 (MQ=255) cATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGat < 2:771617/145‑1 (MQ=255) cATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGat > 1:771617/1‑145 (MQ=255) aTCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCAGTACCCGCCGGGCCAACGCCGTAGGTAATGTCAAGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCGTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGATTTGATATTGAc > 2:25257/1‑150 (MQ=255) 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cccgCCGGGCCAACGCCGAAGGGAATGGCATGGGCGAGAATATGGGCGCTGGACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTcc < 1:76862/150‑1 (MQ=255) ccgccgGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCCTGGTCGAGAATATTGGCGCTGTACTGCGCCTGGTTTGGCGGGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCa < 2:1581895/150‑1 (MQ=255) ccgGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTa > 1:1487465/1‑150 (MQ=255) tggCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTAcc > 1:1052247/2‑150 (MQ=255) gggCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTAcc > 2:394184/1‑150 (MQ=255) 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gcgGCTTAATTACGCAGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTAGTCCGGGACGCTCTCCGCGCTTTGCTCGAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCgggg < 2:638240/150‑1 (MQ=255) cgGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGc < 2:556197/150‑1 (MQ=255) cgGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTGCTTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGc < 2:1299512/150‑1 (MQ=255) ggCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGGGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGCa < 1:94183/150‑1 (MQ=255) aTTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGCAGTATCg < 2:1572905/150‑1 (MQ=255) aTTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGCAGTATCg > 2:552651/1‑150 (MQ=255) aCGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGCAGTATCGACa < 2:218840/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCGTTTGGGTTTGATCTTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTATTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGCAGTATCGACa < 2:742911/150‑1 (MQ=255) cgccgcGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGCAGTATCGACAt < 1:1135031/150‑1 (MQ=255) | GCGAATTTCCTGACGCTCCAGGGCATCAACTGCCGCAGCCACTGCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTGTTCCGGTTCGATATCCTGAATCTGACCGCGCATCGGGGCAGTATCGACAT > NC_000913/692881‑693179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |